MP4 vs MOV

必ずしもそうではありません。画質はコンテナの中に入っているコーデックで決まります。MOVファイルでは制作用にApple ProResのような高品質コーデックがよく使われ、MP4では通常H.264やH.265が使われます。H.264のMOVとH.264のMP4を同じ設定にすれば、画質は同じです。

ChromeやWindowsのほとんどのソフトは、QuickTimeのMOVコンテナにネイティブ対応していません。MOVはAppleの形式で、再生にはQuickTime Playerが必要です。MOVをMP4に変換すれば、この互換性の問題はすぐに解決します。

はい、YouTubeはMOVファイルを受け付けています。ただし、YouTubeはアップロードされた動画をすべて内部でMP4に再エンコードします。MP4を直接アップロードすれば、処理が速くなり、仕上がりの画質も予測しやすくなります。

コーデックによります。どちらもH.264であれば、画質の差はほとんどありません。MOVがProResでH.264のMP4に変換する場合は、非可逆エンコードが行われるため、多少画質が下がります。

iPhoneは、通常のビデオではデフォルトでMOV（QuickTime）形式で録画します。設定によってはMP4で出力できる場合もあります。iPhoneからMacへのAirDrop転送では、通常MOVのままです。